新疆伊斯蘭教經學院是經國務院和自治區人民政府批準建立的我區唯一的一所宗教高等院校，同時也是全國唯一用本地少數民族語言（維吾爾語）授課的伊斯蘭教經學院。學院1983年動工籌建，1987年6月竣工開學，占地面積43畝，建筑面積17800平方米，總投資1700萬元人民幣。學院是自治區民委（宗教局）下轄的二級局事業單位，有教職工編制58名（其中14名參照公務員管理），辦學規模160人。