“空軍一號”擁有先進的防護措施以保護美國總統的安全，足以抵御核爆炸所產生的核輻射及沖擊波，能發射紅外誘餌或啟動電子干擾系統，防范導彈攻擊。此外，任何人攜帶任何行李登機時，都要經過十分嚴格的安檢。至于“空軍一號”上的總統套房、通訊中心以及駕駛室，更是只有少數的特許人士才能夠進入。